农产品销售公司在税收方面存在诸多值得探讨的问题，其中免税与否以及增值税的缴纳情况备受关注。这不仅关系到农产品销售公司的经营成本与利润，更对整个农业产业链的发展有着重要影响。
农产品销售公司是否免税，需要依据具体情况来判断。一般来说，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。这里的农业生产者包括从事农业生产的单位和个人，他们销售自己种植、养殖、捕捞等生产的初级农产品可享受免税政策。例如，农民专业合作社销售本社成员生产的农产品，视同农业生产者销售自产农产品，免征增值税。这一政策旨在鼓励农业生产，减轻农业生产者的负担，促进农产品的直接流通，保障市场供应。
对于农产品销售公司而言，情况并非如此简单。如果公司只是单纯从事农产品的收购与销售，且销售的是农业生产者自产的初级农产品，在符合相关规定的前提下，可以享受免征增值税的优惠。但如果公司对农产品进行了进一步的加工、包装等增值处理，那么销售这些经过加工的农产品就需要按照规定缴纳增值税。比如，将农产品加工成罐头、果脯等产品后销售，就不再属于免税范围，而是要以加工后的产品适用的税率计算缴纳增值税。
农产品销售要交增值税的情况较为复杂。对于一般纳税人的农产品销售公司，如果销售的是适用税率为9%的农产品，如粮食等，购进时取得的增值税专用发票等合法扣税凭证可以抵扣进项税额，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。销项税额按照销售额乘以适用税率计算，销售额为纳税人发生应税销售行为收取的全部价款和价外费用，但不包括收取的销项税额。例如，某农产品销售公司销售一批粮食，销售额为100万元，适用税率9%，则销项税额为9万元。若该公司购进这批粮食时取得的进项税额为6万元，那么当期应缴纳的增值税为3万元。
小规模纳税人的农产品销售公司，适用简易计税方法，按照销售额乘以征收率计算应纳税额，不得抵扣进项税额。目前小规模纳税人征收率通常为3%，在疫情期间等有优惠政策调整。比如，某小规模农产品销售公司销售农产品取得销售额50万元，征收率3%，则应缴纳增值税1.5万元。
还有一些特殊情况。如销售农产品适用零税率的情况，像出口的农产品，在符合相关出口退税规定时，可享受零税率政策，不仅不用缴纳增值税，还能退还以前环节已缴纳的增值税。
农产品销售公司的免税政策与增值税缴纳情况，既体现了对农业的扶持，又遵循了税收的基本原则。对于农产品销售公司来说，准确把握税收政策，合理开展经营活动，既能享受政策优惠，降低成本，又能依法纳税，保障自身合法合规运营，从而在农业市场中稳健发展，为农产品的流通与农业产业的繁荣贡献力量。税务部门也应加强政策宣传与指导，确保农产品销售公司准确理解和运用税收政策，营造良好的税收营商环境，推动农业经济持续健康发展。